Kazanov Lab

Программное обеспечение

Лаборатория разрабатывает свободно распространяемое биоинформатическое программное обеспечение для научного сообщества. Исходный код размещён на GitHub.

GKclust — поиск кластеров мутаций в геномах

Инструмент для обнаружения кластеров соматических мутаций в полных геномах. Анализирует VCF-файлы для выявления мутационных горячих точек с настраиваемыми статистическими порогами; поддерживает анализ однонуклеотидных мутаций, а также вставок и делеций.

GitHub
GKsims — симуляция соматических мутаций для различных мутагенов

Генерирует реалистичные распределение соматических мутаций вдоль генома для таких мутагенов, как APOBEC и УФ-излучение, с учётом различных геномных характеристик: времени репликации, генных и межгенных областей, транскрипционной и репликационной цепи.

GitHub
RNAsselem — анализ элементов вторичной структуры РНК в вирусных геномах

Программный пакет для анализа элементов вторичной структуры РНК в вирусных геномах. Выполняет конвертацию между форматами структур (dot-bracket, CT, WUSS), классифицирует нуклеотиды по структурным категориям (стебли, петли, выпучивания и др.) и вычисляет статистику по частоте и распределению структурных элементов.

GitHub Reference paper
ProteaseSpecificityModels — предсказание сайтов расщепления протеазами с помощью позиционно-весовых матриц (PWM)

Вычисляет показатели протеолитической восприимчивости с использованием позиционно-весовых матриц (PWM) для 169 протеаз человека. В качестве входных данных принимает белковые последовательности в формате FASTA и вычисляет значения восприимчивости для каждой позиции.

GitHub Reference paper
ProteolysisStructuralPrediction — структурная восприимчивость белков к протеолитическому расщеплению

Оценивает восприимчивость участков белка к протеолитическому расщеплению на основе трёхмерной структуры. Поддерживает как экспериментальные структуры PDB, так и модели AlphaFold. Присваивает каждой пептидной связи показатель восприимчивости и генерирует цветовые 3D-визуализации.

GitHub Reference paper